自噬性溶酶體是一種自體吞噬泡, 作用底物是內(nèi)源性的,即細胞內(nèi)的蛻變、破損的某些細胞器或局部細胞質(zhì)。這種溶酶體廣泛存在于正常的細胞內(nèi)，在細胞內(nèi)起“清道夫”作用，作為細胞內(nèi)細胞器和其它結(jié)構(gòu)自然減員和更新的正常途徑。在組織細胞受到各種理化因素傷害時，自噬性溶酶體大量增加，因此對細胞的損傷起一種保護作用。
    自噬性溶酶體的作用底物是內(nèi)源性的，即來自細胞內(nèi)的衰老和崩解的細胞器或局部細胞質(zhì)等。它們由單層膜包圍，內(nèi)部常含有尚未分解的內(nèi)質(zhì)網(wǎng)、線粒體和高爾基復(fù)合體或脂類、糖原等。正常細胞中的性溶酶體在消化、分解、自然更替一些細胞內(nèi)的結(jié)構(gòu)上起著重要作用。當細胞受到藥物作用、射線照射和機械損傷時，其數(shù)量明顯地增多。在病變的細胞中也?？梢姷叫匀苊阁w。
溶酶體的作用還包括對細胞內(nèi)物質(zhì)的消化，溶酶體能?肖化分解經(jīng)胞吞作用攝入細胞內(nèi)的各種物質(zhì)和細胞內(nèi)衰亡或損傷的各種細胞器等。
   吞噬性溶酶體內(nèi)的各種大分子在水解酶的作用下，可被分解為簡單物質(zhì)。例如，能將蛋白質(zhì)分解為二肽或游離氨基酸；把核酸分解為核苷和磷酸；使碳水化合物分解為寡糖類或單糖；將中性脂肪分解為甘油和脂肪酸等。這些被分解而生成的可溶性小分子物質(zhì)，能透過溶酶體體膜進入細胞質(zhì)基質(zhì)，重新參與細胞的物質(zhì)代謝，一些未被*消化的物質(zhì)殘留下來，形成殘余小體。
    在骨生長和骨重建過程中，溶酶體對骨質(zhì)的更新起著重要作用。破骨細胞的溶酶體酶能釋放到細胞外，分解和消除陳舊的骨基質(zhì)，這是骨質(zhì)更新的一個重要步驟。溶酶體酶釋放的具體過程可能是：細胞內(nèi)的環(huán)化酶活性發(fā)生改變后，隨著cAMP的增加，蛋白質(zhì)激酶被活化而引起微管及其周圍的蛋白質(zhì)的磷酸化，其結(jié)果微管發(fā)生聚集，致使溶酶體向細胞膜方向移動，并與細胞膜相互融合，然后溶酶體內(nèi)的水解酶被排出細胞外，以分解和消除陳舊的骨質(zhì)。